Os bávaros viajam para Villa Park na quarta-feira para o confronto decisivo.
Mas Kane, de 31 anos, teve de ser substituído quatro minutos antes do final do empate de 1 x 1 com o Bayer Leverkusen, no sábado.
Amine Adli acertou o capitão da Inglaterra no tornozelo e o deixou se contorcendo de agonia na grama.
A lesão será uma preocupação para o técnico do Bayern, Vincent Kompany, que já viu Kane registrar 15 gols em apenas sete jogos nesta temporada.
Kompany disse à mídia após o jogo sobre sua preocupação em perder Kane devido a lesão.
Ele disse: “Espero que não seja nada sério. Não sou médico, mas espero que ele possa jogar contra o Aston Villa na quarta-feira”.
Embora o diretor esportivo do Bayern, Max Eberl, tenha alimentado a preocupação ao insinuar que deve ter sido uma batida feia, Kane teve que deixar o campo.
Ele acrescentou: “Se Harry sair do campo, então já é alguma coisa. Agora espero que ele seja feito de madeira inglesa resistente”.
No entanto, os torcedores do Bayern de Munique podem respirar aliviados depois que Kane fez uma atualização otimista na zona mista após o confronto.
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A ex-estrela do Tottenham disse: “Às vezes houve cartões vermelhos por algo assim.
“Estou bem, mas está um pouco dolorido. Vou verificar amanhã, mas acho que está tudo bem.
“Não parece tão ruim no momento. Avaliaremos isso nos próximos dias, mas não acho que ficarei fora por muito tempo.”
O empate sem gols do Bayern com o Leverkusen significa que o time continua na liderança da tabela da Bundesliga com 13 pontos.
A equipa de Kompany ainda não perdeu nenhum jogo desde a chegada do belga ao Burnley neste verão.